水质是衡量鱼虾养得好坏的一种指标，许多有经验的养殖户通过水质的好坏就可以判断鱼虾的情况，是否得病或者能否泛塘等。而净化水质的方法除了传统的方法（注水、使用增氧机、施生石灰）外，还有一种新的方法，使用水质调节剂：EM原液。EM菌内含多种功能微生物，可以有效分解各种有害物质。当水质过肥、浑浊、透明度低时，施用适量使用EM菌液，可以保持水质澄清，防止水质老化，促进浮游生物生长和预防鱼病的发生。此外，与传统方法相比，使用EM菌原液还可以给鱼虾带来丰富的天然食物。

EM菌液中的功能微生物可以分解水草、残余饲料、粪便垃圾等，形成鱼虾所需的养分，供其食用。施用EM菌原液后，水中浮游生物大量繁殖，池水呈现绿色或褐绿色，效果十分理想。

EM菌液渗入水体后，其群体作用能杀死或抑制病原微生物和有害物质，调整养殖生态环境，增加水中溶氧量（氧气），促进养殖生态系中的正常菌群和有益藻类活化生长，保持养殖水体的生态平衡；拌入饵料投喂，直接增强鱼类的吸收功能和防病抗逆能力，促进健壮生长。EM菌液中的光合菌还能利用水中的硫化氢、有机酸、氨及氨基酸兼有反硝化作用中去除水中的亚硝酸铵，因而能使养殖池中的排泄物和残饵污染得到净化，改善水质，减少鱼病。